一、根据环境在洁净度的要求规定，要定期的对自净传递窗的过滤器进行更换，更换过程中要自净传递窗处于停机的状态。
二、正常情况下，每两个月利用尘埃的粒子计数器对自净传递窗进行洁净度的检测，如果检测的洁净度和实际的洁净度要求不符合的情况下，必须立刻将原因找出，是不是存在泄漏或者失效等因素，如果是高效的过滤器出现失效的话，应该立刻将过滤器进行更换。
三、每周对自净传递窗的环境进行灭菌的维护，定期利用纱布蘸酒精或者是丙酮等有机的溶剂，对紫外线的杀菌灯进行擦拭，灯的表面清洁度，以免自净传递窗对杀菌的效果造成影响。
四、对自净传递窗进行高效的过滤器更换的时候，首先将出风孔的挡板打开，更换的过程中要根据过滤器表面箭头的方向，箭头所指的方向即是层气流的主要流向。
五、结束高效过滤器的更换工作之后，采用激光的尘埃粒子计数器对自净传递窗四周的边框密封进行检查，然后对风机的转速进行调整，自净传递窗操作区域风速保持在平均的范围内，之后还要使用激光的尘埃粒子计数器对整个洁净度进行检查。
六、自净传递窗只要接通电源线后，便处于带电的状态，所以在对设备进行保养和维护时，需要将电源线直接拔下来，确保在断电的情况下才可以进行维护保养。
七、如果不是专业的操作人员，严禁触摸自净传递窗电路板的内部，或者是对设备的电位器进行调动；其中自净传递窗差压的传感器对于温度，以及电网和电压的显示，必须是确保使用正确的情况下，显示才能正常出来。
八、当自净传递窗的差压存在异常的时候，可以等风机处于完全停止的情况下，然后通电进行多次的检测，基本都会自动的恢复到正常运行的状态。